Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)
Other Title (Parallel Title in Other Language of ETD)
การวิเคราะห์เชิงเปรียบเทียบของภูมิทัศน์การกลายพันธุ์ที่ระบุจากลำดับเอกโซมของเนื้อเยื่อมะเร็งและดีเอ็นเอของมะเร็งในระบบหมุนเวียน
Year (A.D.)
2022
Document Type
Thesis
First Advisor
Sira Sriswasdi
Second Advisor
Trairak Pisitkun
Faculty/College
Graduate School (บัณฑิตวิทยาลัย)
Degree Name
Master of Science
Degree Level
Master's Degree
Degree Discipline
Bioinformatics and Computational Biology
DOI
10.58837/CHULA.THE.2022.19
Abstract
Next-generation sequencing of circulating tumor DNA (ctDNA) has been used as a noninvasive alternative for cancer diagnosis and characterization of tumor mutational landscape. However, low ctDNA fraction and other factors can limit the ability of ctDNA analysis to capture tumor-specific and actionable variants. In this study, whole-exome sequencings (WES) were performed on paired ctDNA and tumor biopsy in 15 cancer patients to assess the extent of concordance between mutational profiles derived from the two source materials. We found that up to 16.4% ctDNA fraction can still be insufficient for detecting tumor-specific variants and that high concordance with tumor biopsy is achieved when ctDNA fraction is 30% or higher. Most importantly, ctDNA analysis can consistently capture tumor heterogeneity and detect key cancer-related genes even in a patient with both primary and metastatic tumors.
Other Abstract (Other language abstract of ETD)
การหาลำดับของดีเอ็นเอมะเร็งจากเลือดในระบบหมุนเวียนถูกนำมาใช้เป็นวิธีทางเลือกที่ไม่รุกรานสำหรับการวินิจฉัยโรคมะเร็งและการตรวจหาลักษณะการกลายพันธุ์ของมะเร็ง อย่างไรก็ตาม สัดส่วนของดีเอ็นเอมะเร็งที่ได้จากการเก็บตัวอย่างเลือด มีปริมาณที่ต่ำประกอบกับปัจจัยอื่นๆที่จำกัดความสามารถของการวิเคราะห์ดีเอ็นเอมะเร็งจากตัวอย่างเลือดที่จะทำร่วมกับการหาความสอดคล้องของแวเรียนซ์ที่จำเพาะต่อแวเรียนซ์จากตัวอย่างเนื้องอกและแวเรียนซ์ที่มีความสำคัญกับมะเร็งในทางการตรวจหาทางคลินิก ในการศึกษานี้ ได้ทำการหาลำดับเอกโซมทั้งหมดภายในดีเอ็นเอมะเร็งจากเลือดในระบบหมุนเวียน ในการจับคู่ดีเอ็นเอมะเร็งจากเลือดในระบบหมุนเวียนและดีเอ็นเอของมะเร็งที่ได้จากการเก็บชิ้นเนื้องอกในผู้ป่วยมะเร็ง 15 ราย เพื่อประเมินขอบเขตของความสอดคล้องกันระหว่างโปรไฟล์การกลายพันธุ์ที่ได้จากแหล่งข้อมูลทั้งสอง เราพบว่าในเลือดมีปริมาณสัดส่วนของดีเอ็นเอมะเร็งสูงถึง 16.4% ยังคงไม่เพียงพอสำหรับการตรวจหาแวเรียนซ์ที่จำเพาะต่อเนื้องอก แต่อย่างไรก็ตามเมื่อสัดส่วนดีเอ็นเอมะเร็งจากตัวอย่างเลือดเท่ากับ 30% หรือสูงกว่า พบว่ามีความสอดคล้องกันสูงระหว่างแวเรียนซ์ที่ได้จากการตรวจชิ้นเนื้องอกกับแวเรียนซ์ที่พบในดีเอ็นเอมะเร็งจากตัวอย่างเลือด จากการศึกษานี้ได้ผลสรุปการวิเคราะห์ความสามารถของดีเอ็นเอมะเร็งที่ได้จากการเก็บตัวอย่างเลือดว่าความสามารถตรวจจับความแตกต่างของเนื้องอกได้อย่างสม่ำเสมอและตรวจหายีนที่สำคัญที่เกี่ยวข้องกับมะเร็งได้ทั้งในผู้ป่วยที่มีทั้งการเก็บตัวอย่างจากหลายช่วงเวลาและผู้ป่วยมะเร็งที่มีทั้งเนื้องอกระยะแรกและระยะแพร่กระจาย
Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-No Derivative Works 4.0 International License.
Recommended Citation
Leenanitikul, Julanee, "Comparative analysis of mutational landscapes identified from exome sequencing of tumor tissues and circulating tumor DNA" (2022). Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD). 5730.
https://digital.car.chula.ac.th/chulaetd/5730