รูปแบบลำดับสารพันธุกรรมของ exon บนยีน SCN5A ในกลุ่มการเสียชีวิตชนิดใหลตายในประชากรไทย

Other Title (Parallel Title in Other Language of ETD)

SCN5A gene exome sequencing profile in sudden unexplained nocturnal death syndrome in Thai population

Author

รัชติพรรณ ปิติวรารมย์, คณะแพทยศาสตร์

Year (A.D.)

2017

Document Type

Thesis

First Advisor

อุดมศักดิ์ หุ่นวิจิตร

Second Advisor

กรเกียรติ วงศ์ไพศาลสิน

Faculty/College

Faculty of Medicine (คณะแพทยศาสตร์)

Degree Name

วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต

Degree Level

ปริญญาโท

Degree Discipline

วิทยาศาสตร์การแพทย์

DOI

10.58837/CHULA.THE.2017.1205

Abstract

กลุ่มอาการ sudden unexplained nocturnal death syndrome (SUNDS) หรือใหลตายเป็นการเสียชีวิตอย่างเฉียบพลันโดยไม่ทราบสาเหตุพบมากในประชากรชาวเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ โดยผู้เสียชีวิตมักเป็นเพศชาย อายุระหว่าง 20 - 49 ปี สุขภาพแข็งแรง ไม่มีประวัติโรคประจำตัว ในการศึกษาก่อนหน้าพบว่าลักษณะทางระบาดวิทยาและอาการของกลุ่มอาการ SUNDS มีความใกล้เคียงกับกลุ่มอาการ Brugada syndrome (BrS) ซึ่งเกี่ยวข้องกับการกลายพันธุ์ของยีน SCN5A นอกจากนี้ ยังพบว่ายีน SCN5A มีการแปรผันทางพันธุกรรมที่แตกต่างกันไปในแต่ละประชากร วัตถุประสงค์ของงานวิจัยนี้ เพื่อศึกษารูปแบบข้อมูลลำดับสารพันธุกรรมของ exon บนยีน SCN5A ในประชากรไทยที่เสียชีวิตจากกลุ่มอาการ SUNDS ด้วยวิธี Next-Generation sequencing (NGS)
ตัวอย่างเลือดของผู้เสียชีวิตจากกลุ่มอาการ SUNDS จำนวน 43 รายถูกนำมาวิเคราะห์ลำดับเบสของ exon บนยีน SCN5A ด้วยวิธี Next-Generation sequencing (NGS) เปรียบเทียบกับกลุ่มควบคุม ความแปรผันทางพันธุกรรมที่มีค่า MAF < 0.01 จาก ExAC และค่าผลกระทบต่อโปรตีนระดับสูงหรือปานกลางจาก SnpEff จะถูกคัดเลือกเพื่อนำมาทำนายความสามารถในการก่อโรค โดย missense variant จะวิเคราะห์ด้วย Polyphen-2 ส่วน frameshift variant หรือ stop gained variant จะวิเคราะห์ด้วย Mutationtaster และคัดด้วย CADD ซึ่งรวมผลที่ได้จากการทำนายที่ค่า < 20 ออก จากนั้น เปรียบเทียบผลกับ ClinVar และงานวิจัยก่อนหน้า ข้อมูลพื้นฐานของผู้เสียชีวิตจากกลุ่มอาการ SUNDS จะนำมาวิเคราะห์ทางสถิติเชิงพรรณนาด้วยโปรแกรม Microsoft Excel 2013 และ IBM SPSS statistic version 22.0.
การวิจัยนี้สามารถวิเคราะห์หารูปแบบของลำดับสารพันธุกรรมของ exon บนยีน SCN5A ของผู้เสียชีวิตจากกลุ่มอาการ SUNDS จำนวน 43 ราย โดยพบความแปรผันทางพันธุกรรมของยีน SCN5A ซึ่งอาจส่งผลกระทบต่อการทำงานของ sodium channel จำนวน 7 ตำแหน่ง จากตัวอย่างของผู้เสียชีวิตจากกลุ่มอาการ SUNDS จำนวน 7 ราย คิดเป็นร้อยละ 16.28 แบ่งเป็น frameshift variant จำนวน 3 ตำแหน่ง และ stop gained variant จำนวน 4 ตำแหน่ง โดยมีเพียง W301X ซึ่งเคยพบในการศึกษาก่อนหน้านี้ ส่วน 6 ตำแหน่งที่เหลือ ได้แก่ A22fs, C906X, W1206X, W1395X, L1646fs และ E1804fs ไม่เคยมีรายงานมาก่อน แสดงให้เห็นว่าความแปรผันทางพันธุกรรมของยีน SCN5A อาจมีความเกี่ยวข้องอย่างมากกับการเสียชีวิตจากกลุ่มอาการ SUNDS ในประชากรไทยการวิจัยนี้สามารถวิเคราะห์หารูปแบบลำดับสารพันธุกรรมของ exon บนยีน SCN5A ในกลุ่มผู้เสียชีวิตจากกลุ่มอาการ SUNDS ในประชากรไทยได้ โดยข้อมูลความแปรผันทางพันธุกรรมที่พบสามารถนำไปสู่การศึกษา functional analysis ซึ่งข้อมูลที่ได้สามารถนำไปใช้ระบุสาเหตุการเสียชีวิตจากกลุ่มอาการ SUNDS และช่วยให้ญาติของผู้เสียชีวิตตระหนักถึงความเสี่ยงต่อการเสียชีวิตจากกลุ่มอาการ SUNDS ในอนาคตได้

Other Abstract (Other language abstract of ETD)

Sudden unexplained nocturnal death syndrome (SUNDS) or Lai-tai is sudden death that often occurs in Southeast Asia. SUNDS case characteristics are healthy young male, 20 - 49 yrs., sudden death during sleep and no relevant medical history. Previous studies found that SUNDS is similar with Brugada syndrome (BrS) which correlated to SCN5A mutations. Thus, SCN5A variations are different between populations. The aim of this study is to establish SCN5A gene exome sequencing profile for SUNDS in Thai population. Postmortem genetic testing of SCN5A gene exome sequencing profile in 43 SUNDS cases using Next-Generation sequencing were analyzed and compared with healthy controls. Variants with MAF < 0.01 in ExAC and SnpEff annotated as high and moderate were filtered. Pathogenicity were predicted using Polyphen-2 for missense variants and Mutationtaster for frameshift and stop gained variants. For combine pathogenicity results, CADD score < 20 were filtered out. After that, SCN5A variants were compared with ClinVar and previous reports. Descriptive analysis were performed on SUNDS case characteristic. All statistical analysis were calculated using Microsoft Excel 2013 and IBM SPSS statistic version 22.0. SCN5A gene exome sequencing profile in 43 SUNDS cases in Thai population were generated. Seven SCN5A rare variants from seven SUNDS cases (16.28%), three frameshift variants and four stop gained variants, were found which potentially significant that effect to sodium channel function. Only W301X has been previously reported. Other six novel rare variants are A22fs, C906X, W1206X, W1395X, L1646fs and E1804fs. This suggested that SCN5A variants maybe closely correlated with SUNDS cases in Thai population. SCN5A gene exome sequencing profile for SUNDS case in Thai population were performed, which can be used to analyze functional that lead to SUNDS in further study. Moreover, SCN5A variants could be used as diagnostic testing for SUNDS and help the relatives to beware of risk to sudden death

Creative Commons License

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-No Derivative Works 4.0 International License.

Recommended Citation

ปิติวรารมย์, รัชติพรรณ, "รูปแบบลำดับสารพันธุกรรมของ exon บนยีน SCN5A ในกลุ่มการเสียชีวิตชนิดใหลตายในประชากรไทย" (2017). Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD). 1695.
https://digital.car.chula.ac.th/chulaetd/1695