Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

การโคลนและการวิเคราะห์ลำดับยีนที่อยู่ถัดลงมาจาก acnB ใน Rhizobium sp. CU-A1

Other Title (Parallel Title in Other Language of ETD)

Clonning and sequence analysis of genes located downstream of acnB in rhizobium sp. CU-A1

Year (A.D.)

2006

Document Type

Thesis

First Advisor

กอบชัย ภัทรกุลวณิชย์

Faculty/College

Faculty of Science (คณะวิทยาศาสตร์)

Degree Name

วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต

Degree Level

ปริญญาโท

Degree Discipline

จุลชีววิทยาทางอุตสาหกรรม

DOI

10.58837/CHULA.THE.2006.1005

Abstract

โคลนยีนที่อยู่ถัดลงมาจาก acnB ใน Rhizobium sp. สายพันธุ์ CU-A1 ด้วยชุดโคลนยีน BD GenomeWalker[superscriptTM] Universal Kit ที่อาศัยปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรส โดยใช้โอลิโกนิวคลีโอไทด์ไพรเมอร์จากบริเวณปลายด้าน 3' ของ acnB ผลิตภัณฑ์จากปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรสขนาด 2850 bp ถูกโคลนเข้ายังพลาสมิด pGEM-T Easy ตั้งชื่อพลาสมิดนี้ว่า PJ2 จากการหาลำดับนิวคลีโอไทด์แทรกสอด พบกรอบอ่านรหัสเปิด 3 กรอบ ซึ่งมีทิศทางการถอดรหัสไปทางเดียวกัน acnF มีลำดับกรดอะมิโนที่มีความเหมือน 72% กับอัลดีไฮด์ดีไฮโดรจีเนส จาก Paracoccus denitrificans สายพันธุ์ PD1222 ORF2 มีลำดับกรดอะมิโนที่มีความเหมือน 34% กับโปรตีนในตระกูล Cytochrome P450 จาก Silicibacter pomeroyi สายพันธุ์ DSS-3 และ ORF3 มีลำดับกรดอะมิโนที่มีความเหมือน 57% กับ 5-คาร์บอกซีเมธิล-2-ไฮดรอกซีมิวโตเนตเดลตาไอโซเมอเรส จาก Polaromonas naphthalenivorans สายพันธุ์ CJ2 นอกจากนี้ยังพบบริเวณที่คาดว่าน่าจะเป็นโปรโมเตอร์หน้า ORF2 พบรหัสหยุดของ acnF และโครงสร้าง hairpin หลัง acnF จึงเป็นไปได้ว่า ancF น่าจะอยู่โอเปอรอนเดียวกับ acnAcAdAbB ที่เคยมีรายงานก่อนหน้า ส่วน RF2 และ ORF3 ถูกควบคุมโดยโปรโมเตอร์อื่นๆ ดังนั้นยีนที่เกี่ยวข้องกับการย่อยสลายอะซีแนพธิลีนใน Rhizobium sp. สายพันธุ์ CU-A1 จึงอาจไม่อยู่รวมกันเป็นกลุ่ม

Other Abstract (Other language abstract of ETD)

Genes located downstream of acnB in rhizobium sp. CU-A1 were cloned using BD GenomWalker[superscriptTM] Universal Kit by polymerase chain reaction using oligonucleotide primers derived from 3' region of acnB. The 2850 bp PCR product was cloned into plasmid pGEM-T Easy and designated as pJ2. Nucleotide sequence of insert revealed three Open Reading Frames (ORFs) in the same transcriptional direction. acnF showed 72% homology to aldehyde dehydrogenase of Paracoccus denitrificans PD1222. ORF2 was 34% homology to cytochrome P450 family protein of silicibacter pomeroyi DSS-3. ORF3 showed 57% homology to 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate delta isomerase of polaromonas naphthalenivorans CJ2. Stop codon and putative hairpin structure was found downstream of acnF. Moreover, a putative promoter region were found upstream of ORF2. These results suggested that acnF may located on the same operon with acnAcAdAbB which have been previously reported whereas ORF2 and ORF3 might be under the control of another promoter. Therefore, genes involving acenaphthylene degradation in rhizobium sp. CU-A1 may not be arranged as cluster.

Link to Full Text

Share

COinS