Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

ลักษณะทางอณูชีววิทยาของยีนสไปค์และยีนนิวคลีโอแคปซิดของเชื้อไวรัสโรคท้องร่วงติดต่อในสุกร (ไวรัสพีอีดี) ที่แยกได้จากฟาร์มสุกร

Other Title (Parallel Title in Other Language of ETD)

Molecular characterization of the spike and nucleocapsid genes of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) isolated from farms

Year (A.D.)

2012

Document Type

Thesis

First Advisor

สุพจน์ วัฒนะพันธ์ศักดิ์

Second Advisor

พรชลิต อัศวชีพ

Third Advisor

จุฑาทิพย์ เขียวเจริญ

Faculty/College

Faculty of Veterinary Science (คณะสัตวแพทยศาสตร์)

Degree Name

วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต

Degree Level

ปริญญาโท

Degree Discipline

อายุรศาสตร์สัตวแพทย์

DOI

10.58837/CHULA.THE.2012.1673

Abstract

เชื้อไวรัสโรคท้องร่วงติดต่อในสุกรหรือเชื้อไวรัสพีอีดีก่อให้เกิดอาการท้องเสียเฉียบพลัน, อาเจียนและขาดน้ำอย่างรุนแรง ซึ่งส่งผลให้ลูกสุกรที่มีอายุน้อยกว่า 7 วันตายอย่างรวดเร็ว โดยประเทศไทยพบการระบาดของไวรัสพีอีดีตั้งแต่ปี พ.ศ. 2550 และในปัจจุบันยังคงพบการระบาดของโรคในบางพื้นที่ โดยในการศึกษาครั้งนี้ได้ทำการศึกษาความหลากหลายทางพันธุกรรมและทำการจัดกลุ่มสายพันธุ์ของเชื้อไวรัสพีอีดีที่แยกได้จากสุกรป่วยจำนวน 21 ตัวอย่าง ระหว่างปี พ.ศ. 2554-2555 โดยการวิเคราะห์และเปรียบเทียบลำดับนิวคลีโอไทด์และกรดอะมิโนของยีสไปค์และยีนนิวคลีโอแคปซิดกับสายพันธุ์อ้างอิงของประเทศไทย, สายพันธุ์วัคซีน และสายพันธุ์อ้างอิงที่มีรายงานในฐานข้อมูล ผลการศึกษาพบว่าไวรัสพีอีดีที่แยกได้ระหว่างปี พ.ศ. 2554-2555 ในส่วนยีนสไปค์แสดงความใกล้เคียงทางพันธุกรรมต่อกันระหว่าง 90.50-100% ยกเว้น 1 สายพันธุ์ที่แสดงความแตกต่างทางพันธุกรรมกับสายพันธุ์อื่นที่ 90.50-93.55% ทำให้สายพันธุ์ที่มีความแตกต่างนี้ไม่ถูกจัดรวมอยู่ในกลุ่มเดียวกันกับสายพันธุ์ไทยส่วนใหญ่ส่วนการวิเคราะห์ในส่วนยีนนิวคลีโอแคปชิด พบว่าไวรัสพีอีดีที่แยกในระหว่างปี พ.ศ. 2554-2555 มีความใกล้เคียงทางพันธุกรรมต่อกันระหว่าง 97.67-100% และทุกสายพันธุ์ถูกจัดอยู่ในกลุ่มเดียวกัน นอกจากนี้การวิเคราะห์ในส่วนยีนสไปค์ของไวรัสพีอีดีที่แยกได้ระหว่างปี พ.ศ. 2554-2555 กับสายพันธุ์อ้างอิง พบว่ามีความใกล้เคียงทางพันธุกรรมกับไวรัสพีอีดีของประเทศไทยที่แยกได้ในอดีตและไวรัสพีอีดีสายพันธุ์จากประเทศจีนที่ 90.50-99.53% และ 96.26-98.82% ตามลำดับ ซึ่งสอดคล้องกันกับผลการวิเคราะห์ในส่วนยีนนิวคลีโอแคปซิด แสดงว่าไวรัสพีอีดีที่แยกได้ในการศึกษาครั้งนี้มีความใกล้เคียงทางพันธุกรรมสายพันธุ์จากประเทศจีน ที่ 94.00-99.52% ดังนั้นไวรัสพีอีดีที่แยกได้ระหว่างปี พ.ศ. 2554-2555 อาจมีต้นกำเนิดมาจากเชื้อไวรัสพีอีดีสายพันธุ์ประเทศจีน

Other Abstract (Other language abstract of ETD)

Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) causes acute diarrhea, vomiting, severe dehydration and lead to sudden death in neonatal pigs less than 7 days old. The outbreak of PEDV in Thailand has been found since 2007 and remains spreading into many areas. In this study, the genetic diversity of twenty-one PEDV isolates from pig cases during 2011-2012 based on partial spike (S) and nucleocapsid (N) gene sequences was investigated by comparing with previous Thai isolates, PED vaccine strains and reference PEDV isolates. Based on partial S gene sequence, the current Thai isolates shared genetic similarity between 90.50-100% Among this comparison, only one isolate was separated from main cluster and shared the lowest nucleotide identity ranging from 90.50-93.55% to others. Regarding to partial N gene sequence, the genetic relationship among current isolates had more close relationship with a ranging from 97.67-100% of nucleotide identity and all current isolates were located in the same clade. Furthermore, the current isolates had S gene sequence closely related to previous Thai and Chinese isolates by sharing nucleotide identity between 97.55-99.53% and 96.26-98.82%, respectively. For partial N gene sequence analysis, current Thai isolates also shared high nucleotide similarity to Chinese isolates between 94.00-99.52%. Therefore, the Thai PEDV isolates during 2011-2012 might have been originated from Chinese clade.

Link to Full Text

Share

COinS