Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

การวิเคราะห์ไมโครอาร์เอ็นเอของมนุษย์ที่สามารถยับยั้งเชื้อไวรัสตับอักเสบซีในเซลล์เพาะเลี้ยงเนื้อเยื่อตับ

Other Title (Parallel Title in Other Language of ETD)

In vitro analysis of human microRNAs targeting hepatitis C virus

Year (A.D.)

2013

Document Type

Thesis

First Advisor

สัญชัย พยุงภร

Faculty/College

Faculty of Medicine (คณะแพทยศาสตร์)

Degree Name

วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต

Degree Level

ปริญญาโท

Degree Discipline

วิทยาศาสตร์การแพทย์

DOI

10.58837/CHULA.THE.2013.603

Abstract

microRNA (miRNA) คืออาร์เอ็นเอสายสั้นๆขนาดประมาณ 21-23 นิวคลีโอไทด์ สามารถไปเข้าคู่ (hybridization) กับ mRNA เป้าหมาย และควบคุมการแสดงออกของยีนได้ จากงานวิจัยที่ผ่านมาพบว่า microRNAs (miRNAs) สามารถควบคุมการเพิ่มจำนวนของไวรัสได้ ไวรัสตับอักเสบซี (Hepatitis C virus) เป็นไวรัสที่ก่อให้เกิดปัญหาทางสาธารณสุขที่สำคัญ สามารถแบ่งออกเป็น 6 จีโนไทป์หลัก โดยจีโนไทป์ที่พบอัตราการระบาดมากในประเทศไทยได้แก่ 1, 3 และ 6 การศึกษาในครั้งนี้จึงสนใจวิเคราะห์หา miRNA ของมนุษย์ ที่สามารถไปเข้าคู่กับยีนของไวรัสตับอักเสบซีทั้ง 3 จีโนไทป์ (1, 3 และ 6) ได้ โดยอาศัยการทำนายด้วยโปรแกรมทาง Bioinformatics ได้แก่ miRBase และ RNA hybrid เพื่อวิเคราะห์รูปแบบการเข้าคู่กันระหว่าง miRNA และ ยีนของไวรัสตับอักเสบซี และค่าพลังงานในการจับ (Minimum free energy; MFE) พบว่ามี hsa-miR-4645-3p และ hsa-miR-4658 ที่สามารถเข้าคู่กับ บริเวณ 5'UTR ของไวรัสตับอักเสบซีได้อย่างมีประสิทธิภาพ จากนั้นทำการทดสอบ hsa-miR-4645-3p ในการยับยั้งการแสดงออกของยีน firefly luciferase ที่ต่อกับยีนของไวรัสตับอักเสบซี ในเซลล์เพาะเลี้ยงเนื้อเยื่อตับ (HepG2 cell) โดยใช้เทคนิค Luciferase assay พบว่า hsa-miR-4645-3p ไม่สามารถยับยั้งการแสดงออกยีน (gene silencing) ได้ จึงทำให้สัญญาณ Luciferase ไม่เปลี่ยนแปลง เนื่องจาก mRNA ของ firefly luciferase ที่ต่อกับยีนของไวรัสตับอักเสบซีเกิดโครงสร้างทุติยภูมิที่ขัดขวางไม่ให้ hsa-miR-4645-3p มาจับที่ยีนของไวรัสตับอักเสบซี ดังนั้นหากต้องการทดสอบ hsa-miR-4645-3p ควรเปลี่ยน vector ให้มี reporter gene ชนิดอื่นที่ไม่เกิดโครงสร้างทุติยภูมิกับยีนของไวรัสตับอักเสบซี

Other Abstract (Other language abstract of ETD)

MicroRNA is small non-coding RNA approximately 21-23 nucleotides in length that hybridizes with target mRNA and regulates gene expression. From previous studies, miRNAs are able to control viral replication. Hepatitis C virus (HCV) is a major health problem globally. There are 6 genotypes of HCV however the predominant genotypes in Thailand are genotype 1, 3 and 6. This study aimed to investigate human miRNAs that can hybridize to conserved regions among the 3 genotypes (1, 3 and 6) of hepatitis C virus. Computer softwares including miRBase and RNA hybrid were used for analysis of hybridization pattern and minimum free energy (MFE) between human miRNA and hepatitis C viral gene. Result showed that hsa-miR-4645-3p and hsa-miR-4658 can efficiently hybridize with 5'UTR of hepatitis C virus. After that hsa-miR-4645-3p was validated in term of silencing firefly luciferase linked with hepatitis C viral gene in HepG2 cell culture system. The result of luciferase assay revealed that hsa-miR-4645-3p could not inhibit the firefly luciferase gene expression. The possible reason that hsa-miR-4645-3p was unable to hybridize with hepatitis C viral gene might be due to the secondary structure between firefly luciferase gene and hepatitis C viral gene. When testing for the silencing function of hsa-miR-4645-3p, vectors with other reporter genes should be used instead of firefly luciferase gene in order to avoid the formation of secondary structure with hepatitis C viral gene (5'UTR).

Link to Full Text

Share

COinS