Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

การแสดงออกของยีนที่ควบคุมการแปลรหัสในซิโนวิโอไซต์จากผู้ป่วยโรคข้อเข่าเสื่อม

Other Title (Parallel Title in Other Language of ETD)

Expression of translational control genes in synoviocytes from knee osteoarthritis patients

Year (A.D.)

2012

Document Type

Thesis

First Advisor

รัชนีกร ธรรมโชติ

Faculty/College

Faculty of Science (คณะวิทยาศาสตร์)

Degree Name

วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต

Degree Level

ปริญญาโท

Degree Discipline

พันธุศาสตร์

DOI

10.58837/CHULA.THE.2012.829

Abstract

โรคข้อเข่าเสื่อม เกิดจากการเสื่อมสลายไปของกระดูกอ่อนผิวข้อ ซึ่งอาจเป็นผลมาจากการแสดงออกของยีนที่เปลี่ยนแปลงไปในซิโนวิโอไซต์ จากการศึกษาข้อมูลไมโครอาร์เรย์ โดยใช้เทคโนโลยีชีวสารสนเทศเปรียบเทียบการแสดงออกของยีนในเยื่อบุข้อระหว่างผู้ป่วยโรคข้อเข่าเสื่อม (n=10) และกลุ่มควบคุม (n=9) พบว่ามีอย่างน้อย 4,816 ยีน มีการแสดงออกแตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ จากนั้นจึงเลือกยีนที่เกี่ยวข้องกับกระบวนการถอดรหัสและแปลรหัส ได้แก่ ATF3 DPH5 eIF4G2 และ SBP2 มาศึกษาระดับการแสดงออกของแต่ละยีนด้วยวิธี real-time PCR เพื่อใช้เปรียบเทียบและยืนยันผลที่ได้จากไมโครอาร์เรย์ โดยใช้ตัวอย่างอาร์เอ็นเอที่สกัดได้จากน้ำไขข้อ และซิโนวิโอไซต์ในน้ำไขข้อที่ผ่านการเพาะเลี้ยงเซลล์ ซึ่งได้จากผู้ป่วยโรคข้อเข่าเสื่อม 10 ราย และกลุ่มควบคุม 5 ราย จากผล real-time PCR พบว่า ระดับการแสดงออกของ eIF4G2 DPH5 และ SBP2 จากตัวอย่างน้ำไขข้อ มีการแสดงออกแตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติระหว่างผู้ป่วยโรคข้อเข่าเสื่อมกับกลุ่มควบคุม (P < 0.05) โดย DPH5 eIF4G2 และ SBP2 มีการแสดงออกเพิ่มขึ้นในผู้ป่วย ซึ่ง eIF4G2 และ SBP2 มีทิศทางการแสดงออกสวนทางกับข้อมูลที่ได้จากไมโครอาร์เรย์ ส่วน ATF3 ที่ได้จากน้ำไขข้อพบว่ามีการแสดงออกไม่แตกต่างกันระหว่างผู้ป่วยโรคข้อเข่าเสื่อมกับกลุ่มควบคุม (P > 0.05) ในระดับที่การแสดงออกของ ATF3 ที่ได้จากตัวอย่างเพาะเลี้ยงเซลล์ มีการแสดงออกเพิ่มขึ้นในผู้ป่วย (P < 0.01) ซึ่งตรงข้ามกับผลของไมโครอาร์เรย์ ที่ ATF3 มีการแสดงออกลดลง แต่ DPH5 eIF4G2 และ SBP2 จากตัวอย่างซิโนวิโอไซต์ที่ผ่านการเพาะเลี้ยงเซลล์ กลับมีการแสดงออกไม่แตกต่างกันระหว่างผู้ป่วยโรคข้อเข่าเสื่อมกับกลุ่มควบคุม (P > 0.05) ความแตกต่างของข้อมูลที่ได้จากการทำ real-time PCR จากตัวอย่างน้ำไขข้อ และซิโนวิโอไซต์ที่ผ่านการเพาะเลี้ยงเซลล์ กับไมโครอาร์เรย์ คาดว่าอาจเกิดจากความแตกต่างของตัวอย่างที่ใช้ในการศึกษา รวมถึงผลบวกลวงที่อาจเกิดขึ้นในไมโครอาร์เรย์

Other Abstract (Other language abstract of ETD)

Knee osteoarthritis (knee OA) is caused by degradation of articular cartilage partly due to gene expression in synoviocytes. From microarray data, bioinformatics analysis was performed to compare gene expression between synovial membrane from knee OA patients (n=10) and from control group (n=9). The result showed that at least 4,816 genes were statistically significantly different. Genes involved in transcriptional and translational processes were investigated. ATF3, DPH5, eIF4G2 and SBP2 genes were selected to study the gene expression with real-time PCR and validate the microarray result. RNA samples were extracted from fresh synovial fluid and from cultured synoviocytes. These samples were obtained from 10 knee OA patients and 5 controls. The real-time PCR result revealed that the gene expression of eIF4G2, DPH5 and SBP2 from synovial fluid were statistically different between the two groups (P < 0.05) and also had higher expression level in the patients, but eIF4G2 and SBP2 results contradicted to the data from microarray. ATF3 expression levels from synovial fluid were not significantly different between the two groups (P > 0.05). However ATF3 from cultured cells was statistically different; the patients had a higher level of expression (P < 0.01) as opposed to lower level in the microarray result. While DPH5, eIF4G2 and SBP2 from cultured synoviocytes showed no significant difference (P > 0.05). The inconsistent results from the real-time PCR from synovial fluid and cultured synoviocytes as well as microarray, may arise from the heterogeneity of the samples and possible false positive result in microarray.

Link to Full Text

Share

COinS