Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

อาร์เอ็นเอสายคู่ใน Trichoderma sp. สายพันธุ์ที่แยกได้ในประเทศไทย

Other Title (Parallel Title in Other Language of ETD)

Double-stranded RNA in an isolate of Trichodema sp. in Thailand

Year (A.D.)

2011

Document Type

Thesis

First Advisor

พงศ์ธาริน โล่ห์ตระกูล

Faculty/College

Faculty of Science (คณะวิทยาศาสตร์)

Degree Name

วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต

Degree Level

ปริญญาโท

Degree Discipline

พฤกษศาสตร์

DOI

10.58837/CHULA.THE.2011.992

Abstract

ผลการตรวจสอบ double-stranded RNA (dsRNA) ในรา Trichoderma จำนวน 96 ไอโซเลต ที่คัดแยกจาก 13 จังหวัดในประเทศไทย พบ dsRNA ใน 7 ไอโซเลต (7%) ได้แก่ Trichoderma sp. Cbi3.1.1 T. harzianum Cbi3.2.2 T. reesei Cbi3.3.1 Trichoderma sp. Cpn1.1.1 Trichoderma sp. Pbn1.1.5 T. virens Plk1.1.9 และ Trichoderma sp. Ubn1.1.3 ลักษณะ dsRNA ที่พบในราแต่ละไอโซเลตมีจำนวนตั้งแต่ 1-10 แถบ และมีขนาด โดยประมาณ 1.25–21.9 kb จากนั้น ได้เลือก dsRNA จาก T. reesei Cbi3.3.1 ซึ่งมีจำนวน 3 แถบ ขนาดประมาณ 2.06 – 2.26 kb ไปสังเคราะห์ cDNA โคลน และศึกษาลำดับนิวคลีโอ ไทด์ พบว่าลำดับนิวคลีโอไทด์บางส่วนของ dsRNA จาก cDNA โคลน c88 c101 และ c171 สามารถถอดรหัสเป็นโปรตีนซึ่งมีความคล้ายคลึงกับ putative RNA dependent RNA polymerases และ putative capsid proteins ของไวรัสในสกุล Partitivirus ผลการวิเคราะห์ ความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการยืนยันว่า dsRNA จาก T. reesei Cbi3.3.1 มีความใกล้ชิดกับ ไวรัสสกุล Partitivirus การศึกษาเปรียบเทียบระหว่างโคโลนีเซลล์เดี่ยวที่มีและไม่มี dsRNA ของ T. reesei Cbi3.3.1 พบว่า dsRNA มีผลต่อการเติบโตที่แตกต่างกันเมื่อทำการเลี้ยงในอาหาร Corn meal dextrose agar ที่อุณหภูมิ 30°C และ 40°C และพบการสร้างสปอร์ที่ ต่างกันภายหลังการเลี้ยงเป็นเวลา 14 วัน ในขณะที่การเลี้ยงในอาหาร Synthetic low nutrient agar พบความแตกต่างที่อุณหภูมิ 15°C เท่านั้น สำหรับการผลิตเอนไซม์ endoglucanase ไม่พบความแตกต่างของค่าเฉลี่ยของแอคติวิตีและแอคติวิตีจำเพาะของ เอนไซม์ในโคโลนีทั้งสองกลุ่ม แต่พบว่ากลุ่มของโคโลนีที่ไม่มี dsRNA มีค่าเฉลี่ยของปริมาณ โปรตีนใน crude enzyme ที่สูงกว่าอย่างมีนัยสำคัญ

Other Abstract (Other language abstract of ETD)

Double-stranded RNAs (dsRNAs) were detected in 7 of 96 isolates (7%) of Trichoderma spp. isolated from 13 provinces of Thailand. The dsRNA-containing isolates included Trichoderma sp. Cbi3.1.1 T. harzianum Cbi3.2.2 T. reesii Cbi3.3.1 Trichoderma sp. Cpn1.1.1 Trichoderma sp. Pbn1.1.5 T. virens Plk1.1.9 and Trichoderma sp. Ubn1.1.3. The number of dsRNA fragments in each fungal isolate ranged from 1 to 10 and their size ranged from approximately 1.25 to 21.9 kb. Complementary DNAs synthesized from 3 dsRNA fragments of T. reesii Cbi3.3.1 were cloned and sequenced. Partial amino acid sequences translated from the cDNA clones, c88, c101 and c171, were similar to putative RNA dependent RNA polymerases and putative capsid proteins of viruses in the genus Partitivirus. Results of phylogenetic analyses supported the close relationship between dsRNA from T. reesii Cbi3.3.1 and partitiviruses. When growth and endoglucanase production were compared between the single-cell colonies with and without dsRNA, the difference in growth rate was detected on Corn meal dextrose agar medium at 30°C and 40°C and higher sporulation in dsRNA-free colonies was observed in 14 day-old cultures. Higher protein content was also detected in the crude enzyme produced by dsRNA-free colonies. However, no significant difference was found in endoglucanase production.

Link to Full Text

Share

COinS