Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

การศึกษาการแลกเปลี่ยนชิ้นส่วนพันธุกรรมของฮิวแมนโนโรไวรัสในประเทศไทย ช่วงปี ค.ศ. 2009-2014

Other Title (Parallel Title in Other Language of ETD)

DETECTION OF RECOMBINANT HUMAN NOROVIRUS IN THAILAND ISOLATED BETWEEN 2009-2014

Year (A.D.)

2014

Document Type

Thesis

First Advisor

ยง ภู่วรวรรณ

Second Advisor

สัญชัย พยุงภร

Faculty/College

Faculty of Medicine (คณะแพทยศาสตร์)

Degree Name

วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต

Degree Level

ปริญญาโท

Degree Discipline

ชีวเคมีทางการแพทย์

DOI

10.58837/CHULA.THE.2014.534

Abstract

เชื้อฮิวแมนโนโรไวรัสเป็นไวรัสที่สำคัญชนิดหนึ่งที่เป็นสาเหตุของการติดเชื้อในระบบทางเดินอาหารทั่วโลก โดยการเกิด recombination ของเชื้อไวรัสนั้นเป็นประโยชน์ต่อการหลบหนีจากระบบภูมิคุ้มกันของเซลล์เจ้าบ้าน และยังเป็นกลไกสำคัญต่อวิวัฒนาการของไวรัสเพื่อให้ได้เชื้อไวรัสในสายพันธุ์ใหม่อีกด้วย แต่ข้อมูลการศึกษาเกี่ยวกับการเกิด recombination ในประเทศไทยนั้นยังพบอยู่น้อย ดังนั้น ในการศึกษาครั้งนี้ จึงทำการตรวจสอบและจัดจำแนกสายพันธุ์ของเชื้อฮิวแมนโนโรไวรัสที่มีการเกิด recombination ตั้งแต่ ค.ศ. 2009-2014 ในประเทศไทย จากตัวอย่างอุจจาระของผู้ป่วยที่มีอาการทางระบบทางเดินอาหารอักเสบเฉียบพลัน จากตัวอย่างที่ให้ผลบวกต่อการติดเชื้อฮิวแมนโนโรไวรัสทั้งหมด 150 ตัวอย่าง พบว่า จำนวน 104 ตัวอย่างที่สามารถทำการระบุจีโนไทป์จากการเพิ่มจำนวนยีน VP1 ด้วยเทคนิค RT-PCR โดยพบว่า มีทั้งสิ้น 12 จีโนไทป์ คือ GII.1, GII.2, GII.3, GII.4, GII.5, GII.6, GII.7, GII.12, GII.13, GII.14, GII.17 และ GII.21 โดยที่สายพันธุ์ GII.4 เป็นสายพันธุ์ที่พบการระบาดมากที่สุด (67/104, 64.4 %) การวิเคราะห์ข้อมูลจาก Phylogenetic และ Simplot พบการเกิด recombination จากตัวอย่างที่ทำการศึกษาทั้งหมด 7 ตัวอย่าง คือ สายพันธุ์ GII.21/GII.3 จำนวน 3 ตัวอย่าง, GII.12/GII.3 จำนวน 2 ตัวอย่าง และ GII.12/GII.1 จำนวน 2 ตัวอย่าง เมื่อทำการยืนยันว่าตัวอย่างที่พบเป็น recombination ที่แท้จริง ด้วยการวิเคราะห์ค่าทางสถิติ Maximum x 2 พบว่า ทั้ง 7 ตัวอย่างมีจุดตัดของการเกิด recombination ใกล้เคียงกับบริเวณที่ทับซ้อนกันของ ORF1/ORF2 (p < 0.001) โดยอยู่บริเวณปลาย C ของยีน RdRp และภายในปลาย N ของยีน VP1 ซึ่งเป็นจุดที่มักจะพบการเกิด recombination ได้บ่อยที่สุด

Other Abstract (Other language abstract of ETD)

Norovirus (NoV) is the most important cause of nonbacterial acute gastroenteritis worldwide. Recombinations allow for increased fitness or escape from humoral immunity, and the emergence of new norovirus strains. In Thailand, there is a lack of data on NoV recombinants among clinical isolates. In this study, we screened stool samples from pediatric diarrheal patients for norovirus and characterized recombinant NoV strains present in Thailand, 2009-2014. From 150 NoV-positive specimens, 104 samples were successfully genotyped by RT-PCR for the VP1 region and twelve different genotypes were identified: GII.1, GII.2, GII.3, GII.4, GII.5, GII.6, GII.7, GII.12, GII.13, GII.14, GII.17 and GII.21, of which GII.4 was the most prevalent (67/104, 64.4 %). Phylogenetic and Simplot analyses showed that seven intra-genogroup recombinant strains were detected: three GII.21 RdRp/GII.3 VP1 recombinants, two GII.12 RdRp/GII.3 VP1 recombinant and two GII.12 RdRp/GII.1 VP1 recombinant. Maximum x 2 analysis indicated that all had similar breakpoints near ORF1/ORF2 junction (p < 0.001) either slightly upstream within the C-terminus of RdRp or downstream within the N-terminal domain of VP1.

Link to Full Text

Share

COinS