Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

ลักษณะทางพันธุกรรม และความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการของเชื้อไวรัสโรตาชนิดเอ ในประเทศไทยช่วงปี พ.ศ. 2552-2554

Other Title (Parallel Title in Other Language of ETD)

Whole genome characterization and phylogenetic analysis of human rotavirus group A circulating during 2009-2011 in Thailand

Year (A.D.)

2011

Document Type

Thesis

First Advisor

ยง ภู่วรวรรณ

Faculty/College

Faculty of Medicine (คณะแพทยศาสตร์)

Degree Name

วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต

Degree Level

ปริญญาโท

Degree Discipline

วิทยาศาสตร์การแพทย์

DOI

10.58837/CHULA.THE.2011.666

Abstract

เชื้อไวรัสโรตาเป็นสาเหตุที่สำคัญของโรคอุจจาระร่วงในเด็ก และเป็นสาเหตุการตายที่สำคัญในเด็กเล็กและเด็กทารกทั่วโลก โดยเฉพาะอย่างยิ่งในประเทศกำลังพัฒนา สำหรับในประเทศไทยนั้นพบว่า หนึ่งในสามของผู้ป่วยเด็กอุจจาระร่วงที่เข้าพักรักษาตัวในโรงพยาบาล มีสาเหตุมาจากการติดเชื้อไวรัสชนิดนี้ ซึ่งความรู้ความเข้าใจเกี่ยวกับตัวเชื้อไวรัสโรตาในระดับโมเลกุล วิวัฒนาการ และระบาดวิทยาของเชื้อไวรัสโรตา จะเป็นพื้นฐานในการพัฒนาวัคซีนป้องกันโรคนี้ต่อไป ดังนั้น การศึกษานี้จึงได้ศึกษาถึงความชุก ลักษณะทางพันธุกรรม และความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการ ของเชื้อไวรัสโรตากลุ่ม A ในประเทศไทย โดยศึกษาเชื้อไวรัสโรตาที่พบในผู้ป่วยเด็กอุจจาระร่วงที่เข้าพักรักษาตัวในโรงพยาบาลสองแห่งในช่วงเดือนมิถุนายน 2552-เดือนพฤษภาคม 2554 จากการศึกษาในตัวอย่างอุจจาระที่เก็บจากผู้ป่วย 562 ตัวอย่าง ด้วยวิธี RT-PCR พบว่าให้ผลบวกต่อไวรัสโรตา 250 ตัวอย่าง (44.5%) ซึ่งผลการแยกจีโนไทป์พบเป็น G3P[8] (60.4%) มากที่สุด รองลงมา คือ G1P[8] (39.2%) และ G2P[4] (0.4%) หลังจากนั้นศึกษาลักษณะทางพันธุกรรมในเชิงโมเลกุลของไวรัสโรตาทั้ง complete genome (11 ยีน) ทั้งหมด 22 ตัวอย่าง โดยเป็นตัวอย่างที่มีจีโนไทป์ในส่วนของยีน VP7 และ VP4 เป็น G1P[8] 5 ตัวอย่าง G3P[8] 4 ตัวอย่าง G9P[8] 2 ตัวอย่าง G12P[8] 3 ตัวอย่าง G12P[6] 1 ตัวอย่าง G2P[4] 6 ตัวอย่าง และ G3P[9] 1 ตัวอย่าง ผลจาก phylogenetic analysis ของ complete nucleotide sequences ในส่วนของยีน VP6-VP1-VP2-VP3-NSP1-NSP2-NSP3-NSP4-NSP5/6 จากตัวอย่างที่มี VP4 จีโนไทป์ P[8] และ P[6] สามารถจำแนกจีโนไทป์ได้เป็น I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1 ตามลำดับ ซึ่งมีความคล้ายกับไวรัสโรตาในคนสายพันธุ์ Wa prototype ส่วนตัวอย่างที่มีจีโนไทป์ G2P[4] สามารถจำแนกจีโนไทป์ได้เป็น I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2 ตามลำดับ ซึ่งมีความสัมพันธ์กับ DS-1 prototype ในขณะที่ตัวอย่างที่มีจีโนไทป์ G3P[9] สามารถจำแนกจีโนไทป์ได้เป็น I3-R3-C3-M3-A3-N3-T3-E3-H6 พบว่ามีความคล้ายกับสายพันธุ์ AU-1 prototype และ T152 ที่เชื่อว่าเป็นไวรัสของแมวที่ติดต่อมาสู่คน

Other Abstract (Other language abstract of ETD)

Rotaviruses are the most common cause of severe diarrhea among infants and young children worldwide, with the highest fatality rate in developing countries. In Thailand, rotavirus represents the major cause of diarrhea in infants and children, and is responsible for about one-third of diarrheal diseases in hospitalized patients. In this study, we have described the distribution and molecular characterization of rotaviruses circulating in infants and children with diarrhea, who admitted in two hospitals of Thailand between June 2009 and May 2011. Group A rotaviruses were detected in 250 (44.5%) of 562 specimens by RT-PCR. The most prevalent genotype was G3P[8] (60.4%) followed by G1P[8] (39.2%) and G2P[4] (0.4%). Twenty two samples were selected for whole genome analysis which consist of G1P[8] (5 strains), G3P[8] (4 strains), G9P[8] (2 strains), G12P[8] (3 strains), G12P[6] (1 strains), G2P[4] (6 strains) and G3P[9] (1 strains). Phylogenetic analysis was applied for each sample to classify the 11 gene segments, based on molecular classification by the Rotavirus Classification Working Group (RCWG) system. Whole genomes analysis showed that most of the samples were classified into three human rotaviruses genogroups. The G1P[8], G3P[8], G9P[8], G12P[8] and G12P[6] strains carried their VP6-VP1-VP2-VP3-NSP1-NSP2-NSP3-NSP4-NSP5/6 genotypes of I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1 respectively, Wa-like genogoup. The G2P[4] strains were linked with I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2 genotypes, DS-1-like. Another human minor genogroup, Au-1-like, was found in G3P[9] link to I3-R3-C3-M3-A3-N3-T3-E3-H6 which has genetic relatedness to feline.

Link to Full Text

Share

COinS