Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

ความชุกและการจำแนกยีนโพลีเมอเรสของลิมโฟคริพโตไวรัสในชะนี

Other Title (Parallel Title in Other Language of ETD)

Prevalence and characterization of polymerase gene of gibbon lymphocryptovirus

Year (A.D.)

2004

Document Type

Thesis

First Advisor

ยง ภู่วรวรรณ

Second Advisor

คณิศักดิ์ อรวีระกุล

Third Advisor

วนิดา นพพรพันธุ์

Faculty/College

Faculty of Medicine (คณะแพทยศาสตร์)

Degree Name

วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต

Degree Level

ปริญญาโท

Degree Discipline

วิทยาศาสตร์การแพทย์

DOI

10.58837/CHULA.THE.2004.644

Abstract

ลิมโฟคริพโตไวรัส (Lymphocryptovirus: LCV) เป็นไวรัสในจีนัส gammaherpesvirinae ที่สามารถก่อให้เกิดโรคได้ทั้งในคนและสัตว์ LCV ที่ถูกค้นพบในชะนีมีลักษณะทางพันธุกรรมใกล้เคียงกับ Epstein-Barr virus (EBV) ซึ่งเป็นไวรัสที่ก่อโรคในคน โดยไวรัสทั้งสองชนิดนี้มีลักษณะทางชีววิทยาร่วมกัน และมีรูปแบบการกระจายของเชื้อใกล้เคียงกัน จากการศึกษาความชุกและการจำแนกเชื้อ LCV ในชะนีจำนวน 70 ตัว ประกอบด้วย ชะนีมือขาว 51 ตัว ชะนีมงกุฎ 18 ตัวและชะนีมือคำ 1 ตัว โดยได้ตรวจหาเชื้อ LCV จาก PBMC ของชะนีด้วยวิธี semi-nested PCR ที่ใช้ primer ต่อส่วนโพลีเมอเรสยีนของ LCV พบว่าชะนีมีอัตราการติดเชื้อ LCV ทั้งสิ้น 64 ตัวจากทั้งหมด 70 ตัว คิดเป็น 91.4% และหาลำดับนิวคลีโอไทด์ในส่วนโพลีเมอเรสยีนของ LCV จากนั้นจึงใช้โปรแกรม BLAST เพื่อเปรียบเทียบกับลำดับนิวคลีโอไทด์และลำดับกรดอะมิโนใน GenBank พบว่าลำดับนิวคลีโอไทด์ในส่วนโพลีเมอเรสยีนของ LCV มีความใกล้เคียงกับลำดับนิวคลิโอไทด์ในส่วนโพลีเมอเรสยีนของ EBV ถึง 82% และมีลำดับกรดอะมิโนใกล้เคียงกับ EBV 92% และจากการสร้าง phylogenetic tree เพื่อเปรียบเทียบลำดับนิวคลีโอไทด์ของ LCV นั้นพบว่า LCV ของชะนีมีการแยกกลุ่มออกจาก LCV ของ primate ชนิดอื่นอย่างชัดเจน แต่ถึงอย่างไรก็ยังมีลักษณะที่ใกล้เคียงกับกลุ่ม primate อยู่มาก ดังนั้นจากการจำแนกเชื้อ LCV ในกลุ่มของชะนีหรือ nonhuman primate จะช่วยอธิบายถึงความสัมพันธ์ในเชิงวิวัฒนาการของเชื้อไวรัสในจีนัส gammaherpesvirinae และเป็นพื้นฐานของการศึกษาเชิงพยาธิสภาพของเชื้อไวรัสต่อไป

Other Abstract (Other language abstract of ETD)

Lymphocryptovirus (LCV), an infectious agent of global distribution, is found in various non-human primates. As a herpesvirus inherently infecting gibbons it is closely related to human Epstein-Barr virus (EVB) with which it shares considerable genetic, biologic and epidemiologic features. In order to investigate its seroprevalence and molecular characterization we collected blood samples from 70 gibbons (51 Hylobates lar, 18 Hylobates pileatus and 1 Hylobates agilis) for further separation into peripheral blood mononuclear cells (PBMC). Sixty-four from seventy (91.4%) PBMCs yielded the partial LCV DNA polymerase gene by semi-nested PCR as a 416-bp product, which we subjected to direct sequencing and comparison with nucleotide sequences stored in GenBank applying the BLAST program. All sequences showed 82% nucleic acid and 92% amino acid identity to human EBV. Phylogenetic tree analysis demonstrated gibbon LCVs clustered separately from other gammaherpesvirinae but closely related to LCV of other species. Further characterization of nonhuman primate LCV might thus provide new insight into both evolution and pathogenicity of gammaherpesvirinae.

Link to Full Text

Share

COinS